在日本，N64显然是任天堂帝国的一个孤岛。几乎没有第三方支持的N64再也没有SFC大作频出的辉煌战绩，该主机上的RPG游戏更是缺乏到极点。不过一向语出惊人的山内溥依然嘴硬，竟然在公开场合表示：“现在的玩家都太不象话了，他们居然宁愿一个人呆在黑暗的房间里玩那些慢的要命的游戏。”，甚至与世嘉的高层一样宣称RPG是“无聊而愚蠢的游戏”。当然，了解山内溥其人的玩家都知道，他的话大可不必尽信。由于缺乏第三方的支持，N64平台的市场战略转向“少而优”的精英战略，在该平台上多数游戏都十分经典，而几款由任天堂制作的RPG如“口袋妖怪”、“塞尔达传说”等都是该平台上的主力游戏。
《塞尔达传说：时之笛》
1995年任天堂正式向外界公布N64技术细节时，宫本茂就已经开始《塞尔达传说64》的策划。不久后任天堂准备推出N64的磁碟机64DD，为了替该主机造势，《塞尔达传说64》也就转到了该平台，其后由于64DD计划前景黯淡，任天堂高层又决定将游戏转回到N64。97年《泰坦尼克号》的上映给宫本茂带来了新的灵感，宫本茂原本就对苏格兰风笛十分喜欢，《泰坦尼克》中主题曲的深情演绎让他阐发了以“音乐”作为游戏主题的想法。不久后宫本茂大胆的将原剧本推翻重来，98年初这款全3D的“塞尔达”被正式定名为《塞尔达传说：时之笛》。
在大陆上流传着这样一个传说，如果谁能够找到代表众神力量的三角体：TRI-Force，就能够获得无限的力量，而三角力量就保存在圣地中。最想获得三角力量的是魔族盗贼加农多洛夫，他派出很多邪恶的魔物在海拉尔各地寻找圣地的入口，克吉里森林也是他的目标之一。为了阻止加农，林克来到了海拉尔城。在这里林克碰到了与自己年龄相仿的公主塞尔达，塞尔达告诉他自己知道圣地入口在哪里，但是要找齐三块精灵石才可进入。于是，为了找到另外两块精灵石，林克踏上了征程。
98年11月《塞尔达传说：时之笛》的发售为N64赢回了一定的市场份额，在游戏发售的首周N64在日本的周销量急剧提升了数十倍，出人意料的超越了PS。游戏本身的全球销量更是达到了700多万套。《Famitsu》破天荒的给了这款游戏满分的评价。作为一款全3D的游戏，《塞尔达传说：时之笛》在画面水准上绝非同时期的PS游戏所能企及，游戏采用即时演算的情节过场也有着相当浓厚的电影感觉。不过在关卡设计、解迷感觉等方面该作又给人以典型的“塞尔达”感觉。
在游戏的迷题设计和操作性方面都有相当高的难度，解迷流程非常之长，各种特殊事件关卡等也十分丰富。宫本茂对游戏中细部的要求非常苛刻，人物动作、迷你游戏等都可以看出开发组精心雕琢的痕迹。宫本茂为了更好的表现游戏中林克骑马的部分，经常在节假日与朋友们一起前往骑马俱乐部，用相机拍下马的一些动作。
《塞尔达传说：梅祖拉的面具》
《时之笛》的巨大成功之后，“塞尔达”新作的开发项目随即在99年2月展开。宫本茂在这款游戏开发中已经退居幕后，担当起游戏监制，主要负责人员的调度以及提出一些制作意见。为了维持N64游戏的精品战略，《塞尔达传说：梅祖拉的面具》在开发过程中总共启用了六名导演。
总导演就是宫本茂大力推荐的任天堂新秀青昭英二，另外还有五名导演分别负责剧本、人物、系统、关卡设计等。当时青昭英二正在策划一款以警匪题材为主的GB游戏，不过在中途这款游戏的开发项目就被取消了，在宫本茂的调度之下青昭英二便成为了《梅祖拉面具》的主创人员。
《梅祖拉的面具》可说是“时之笛”的一个外传，游戏故事紧接“时之笛”，林克告别了精灵一个人来到森林里散步。就在这时突然出现了一个戴面具的家伙抢走了“时之笛”和林克的爱马，林克紧追在面具人的后面，来到了一个神秘的异次元世界——塔尔米纳，这个世界在三天之后就要因月球的撞击毁灭了，林克要在三天之内揭开世界毁灭之迷。游戏中没有塞尔达公主，没有魔王，与系列以往作品有很大不同。
不过采用“时之笛”游戏引擎制作的这款游戏在画面上与前者非常相似。虽然宫本茂并没有直接参与游戏制作，青昭英二对“塞尔达”游戏感觉的把握还是十分到位的，“梅祖拉的面具”在整体感觉上与“时之笛”几无二致，可惜游戏发售时N64正步入晚年，该作在日本的总销量只有60多万套。
《皇家骑士团64》
松野泰已离开QUEST后，这家依靠“皇家骑士团”而成长起来的公司从此陷入困境。不久后任天堂为这家公司注资了数亿日元，N64版的《皇家骑士团3》开发项目终于启动。没有了作为灵魂人物的松野泰已以及一大批的骨干力量，要重铸“皇家骑士团”确属不易。QUEST社长德川诚亲自担当游戏总策划，倾全社之力希望重振雄风。可惜游戏最后的品质依然令人失望，在画面、音乐、系统方面都存在不少不成熟之处。
游戏故事发生在松野泰已原著小说重的第六章，讲述数百年前金之民的领袖“开辟王”在大地女神协助下同一了大陆，不久后敌国入侵，并在这个国家建立傀儡政府，开始对百姓进行残酷统治。
主角由于偶然的原因投身于起义军的队伍中，一场壮大的战争从此拉开帷幕。QUEST在开发这款作品时原本准备融合一二两作的优点，以一代的战斗模式结合二代的剧情发展方式为开发方向，可惜在实际制作过程中把握的并不到位。情节自由度大大下降，战斗系统也缺乏平衡性，游戏画面水准也没能让人满意。游戏最后总共只卖出了20多万套。
打印寂寞的独舞——N64主机时代